疑問文になると、なぜ、「動詞＋主語」のように順番を入れ替えるの？

日本語は主に、語尾を調整することで疑問文をつくります。例えば、「今日は雨」を疑問文にするときは「今日は雨？」と語尾を上げることで簡単に疑問文になります。しかし、英語の場合はIt is rainy today.をIs it rainy today?と主語と動詞(be動詞）を入れ替えてさらに文末に？をつけます。なぜ、語順を入れ替えるのでしょうか？昔は、英語も日本語と同じように語尾の語調を上げることで、疑問の意味を表していた例もあるのですが、

・そもそも、平叙文と疑問文で形が同じことで、質問なのかどうなのか分かりにくい。
　(これは日本語でも心当たりがあるかもしれません。）
・語順を重要視する英語において、語順が入れ替わることで、明らかに疑問文であることを明確に伝える役割がある。

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上記の理由から、疑問文は動詞と主語を入れ替えるのが基本ルールとなりました。
「彼はあなたの友達？」と尋ねるときは、He is your friend.の動詞と主語を入れ替えて、Is He your friend?とします。
ちなみに英語とルーツが同じドイツ語でも、主語と動詞を入れ替えることで疑問文にしています。

ただ、語順が平叙文のままでも、疑問文として使用している例は現在でもあり、
(a)意外な驚きを表したり、(b)念を押したり、(c)相手の言葉を聞き返したりする
場面で使われます（発音は上昇音）。
(a)He failed the exam？（彼が試験に落ちたって［そんなばかな］）
(b)Perhaps you think I’ｍ unsympathetic?（たぶんあなたは私を冷たい人間だと思うでしょうね）
(c)He went where?（=Where did you say he went?)(彼はどこへ行ったのですって）

参考文献
『学校の先生も答えられない「英語のなぜ？」がわかる図鑑』
『一度読んだら絶対に忘れない英文法の教科書』
『英文法解説』